Jochen Biganzoli wurde in Kaiserslautern geboren und studierte Theater- und Musikwissenschaft an der Universität Erlangen-Nürnberg. Seine Ausbildung als Regieassistent absolvierte er am Badischen Staatstheater Karlsruhe und am Theater Bremen. Nach ersten Inszenierungen in Bremen war er Ober- und Spartenleiter des Musiktheaters am Kleist Theater Frankfurt (Oder). Seit 1999 arbeitet er als freier Regisseur an zahlreichen Theatern im In- und Ausland, darunter in Leipzig, Dresden, Hamburg, Lübeck, Halle, Meiningen, Bielefeld und Augsburg sowie in Kopenhagen und Barcelona.
Zu seinen Arbeiten zählen unter anderem »Die Meistersinger von Nürnberg« an der Oper Leipzig (2010), »Der Meister und Margarita« an der Hamburgischen Staatsoper (2013), »Lady Macbeth von Mzensk« am Theater Lübeck (2016) und »Tristan und Isolde« am Theater Hagen (2019). Für »Der Meister und Margarita« erhielt er 2014 den Rolf-Mares-Preis in der Kategorie »Herausragende Inszenierung«. Für »Lady Macbeth von Mzensk« und »Tristan und Isolde« (2019) wurde er für den Deutschen Theaterpreis DER FAUST nominiert. Weitere Arbeiten führten ihn zuletzt unter anderem an das Staatstheater Meiningen, das Staatstheater Augsburg und das Deutsche Nationaltheater Weimar. Neben seiner Regietätigkeit lehrte Biganzoli an verschiedenen Musik- und Kunsthochschulen. Seit Januar 2024 ist er Professor für Musiktheater/Szene an der Hochschule für Musik Franz Liszt Weimar.
In der Spielzeit 2026/27 ist Biganzolis Regiearbeit mit »Flight« erstmals am Schiller-Theater Rudolstadt zu sehen.